abrir ventana sin na de na :
<A HREF="#" onClick="window.open('popup.html','','width=350,he ight=250');">
enlace</A>
al picar en la otra ventana sobre un enlace(por ejmplo)pones la el script de cerrar en el evento on click:
<a href="lo que sea.htm" onclick="javascript
:self.close(); ">
Espero que te sirva
Un Saludo