La verdad no estoy muy seguro de eso recuerda que los nt cuando estan compartiendo disco duro trabajan con el dual boot el cual se localiza en el boot.ini, tendrias que hacer el intento reinstalando con una maquina.
Pero creo que el win98 o 95 respetaria el boot.ini o que el nt haria prevalecer su aotonomia. Pero habria que hacer primero la prueba a ver que pasa.
Pero si mal no recuerdo para uno borrar ese boteo uno deberia ejecutar fdisk/mbr para que se pierda pero si no lo haces en TEORIA el dual boot no se perderia.