Hola sergio87
En mi caso particular nunca he utilizado Ajax; por lo que no puedo siquiera darte una recomendación.
De oídas, sólo decirte que sitios a full hechos con Ajax y SEO no se llevan muy bien. Aunque posteaste en el foro adecuado no sé, por lo anterior, si encontrarás aquí la debida respuesta.
De otro modo, puedo mover tu post al foro de Ajax
