Masclet si es contenido duplicado y divides la importancia.
Pacosorella con modificar el dominio preferido en las herramientas para webmasters (siempre que sea eso lo que has hecho y no usar la etiqueta canonical) resuelves el problema para Google, con el archivo .htaccess lo resuelves para todos los buscadores. Como tienes un servidor Apache puedes usar la redirección .htaccess, sólo tienes que añadir este código:
Código:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^dominio\.com$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.dominio.com/$1 [R=301,L]
Con eso sólo podrás entrar a la versión con www.
Sobre la indexación del resto de páginas puede tardar tiempo, necesitas ganar relevancia a ojos de Google si quieres que indexe todo el contenido (tampoco te agobies, la web es nueva y es normal).