Necesitas recorrer la matriz por columnas.
puedes hacerlo de la siguiente manera:
Código Python:
Ver originalM = Matriz
m = Numero de filas
n = Numero de columnas
for j in range(n):
for i in range(m):
print "M[%d][%d] = %d" % (i, j, M[i][j])
Ahora que puedes recorrer la matriz por columnas sera mas fácil sumar las columnas.