Falta un detalle para que la tabla se cierre correctamente dependiendo de donde acabe el ciclo del while, pongo la forma general por si fuese de interés:
Código PHP:
$i=0;
echo "<table>";
while (código){
$i++;
if($i==1)
echo"<tr><td>tu código enlaces</td>";
if($i==2)
echo"<td>tu código enlaces</td>";
if($i==3){
echo"<td>tu código enlaces</td></tr>";
$i=0;}
}
if($i==1)
echo"<td></td><td></td></tr>";
if($i==2)
echo"<td></td></tr>";
echo "</table>";