Hola Laura!
Me disculpo por la ausencia xD.
Por otro lado, coincido con Blesther en que tu aplicación no está implementando el modelo MVC. Esto es en gran parte debido al uso intensivo que haces de AJAX que hace innecesaria la presencia de un controlador.
Haciendo una búsqueda rápida en la web, encontré que las aplicaciones AJAX manejan patrones diferentes a las aplicaciones Web convencionales. Un recurso interesante es este paper de David Parsons:
http://bugi.oulu.fi/~nysse/my/files/...plications.pdf
Yendo al problema del documento que estás redactando te sugeriría que coloques que usas una "Architectura AJAX", y te remitas a la información del paper de Parsons (que tiene unos diagramas bastante vistosos).
Espero te sea de ayuda,