cuando subes la imagen (o el archivo) a esta no se le cambia el formato (a menos que le cambies la extensión
pero ello no afecta el formato)
usar GDI es la forma más simple de editar/ajustar imágenes, claro que se limita a los archivos básicos, jpg, gif, png, bmp, y si guardas con gdi es ilógico que no lo lea, a menos que al momento de "volcar" la data de la imagen a la salida del script, imprimas un echo que lo corrompa, y por ende en el navegador no se ve la imagen.