Quizá te convenga colocar el evento en otro elemento. Si no, con algo así te funcionaría pero no sé si ése será tu objetivo, que se dispare sólo cuando hacen click sobre el li:
Código PHP:
<ul>
<li onclick="(function(e,t){var el=e.srcElement || e.target;if(el!=t)return;alert(1);})(event,this)">
<span>
<input type="checkbox" name="input-1" id="id-input-1">
<label for="id-input-1">
<a>Mensaje de prueba</a>
</label>
</span>
</li>
</ul>