Si los subdominios están al mismo nivel que el dominio, se supone que las sesiones solo afecten al dominio. Si el subdominio está dentro del dominio, las sesiones van a afectar también el subdomino ya que lo estás ejerciendo en el directorio principal. Lo mejor sería que los subdominios estén al mismo nivel del dominio. Es decir
- root
- dominio
- sub-dominio1
- sub-dominio2