Supongo que si colocas en un archivo una cabecera html charset=UTF-8 esta linea tendra prioridad. Dicho de otro modo sobreescribira a la codificacion default. Yo uso un host compartido y hago eso: paso a utf-8
Algo que puedes hacer es crear un archivo php con dichas cabeceras, e incluirlo con include(); en todos los archivos que desees (auque seria casi el mismo trabajo).
Tambien podrias probar esto:
http://www.w3.org/International/ques...charset.es.php
Bueno suerte...!