Hola! Muchas gracias por tu respuesta! 
 
Al final lo he arreglado (jeje). Resulta que yo tenía el código de la siguiente forma:  
 Código PHP:
    <?php require_once('wp-load.php'); ?>
//Y aqui le ponia un script por ejemplo
<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
<?php get_header(); ?>
<?php get_footer();?>    
  Y en los demás navegadores me iba pero en IE NO! Modificando el código va en todos...  
 Código PHP:
    <?php require_once('wp-load.php'); ?>
<?php get_header(); ?>
//Cuando en realidad el script que le quiero poner debe ir aqui
<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
<?php get_footer();?>    
  Si alguien tiene el mismo problema que yo ya sabe que debe tener cuidado donde pone las cosas! 
Saludos =)