Hola eronemamone
Por favor no revivas temas viejos, si tienes una duda, abre un tema nuevo.
Para fines prácticos, lo diré de esta forma: Flex es como abrir el editor de códigos de Flash (El que se abre con F9), y quitarle todas las demás funciones para dibujar y animar.
Si únicamente te interesa programar, Flex es mejor (Y el código fuente es libre y gratuito. Únicamente tendrías que pagar si quieres el FlashBuilder, el IDE oficial de Adobe, por el mínimo precio de 700 dolares, pero como siempre, hay alternativas gratuitas ;) ).
Fuera de esto, ambos dan el mismo resultado: Exportan los resultados finales a archivos SWF y AIR
