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					Iniciado por PanuWeb  
  Hola
 
Yosoy bastante nuevo en este tema y estoy liado con estos archivos, pero yo logre hacer que no se ejecuten las reglas dentro de u directorio agregando una condicion así:  
Código:
 RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/administrator/
  la variable %{REQUEST_URI} muestra todo lo que viene luego de 
http://www.tusitio.com/ 
el signo !  indica que la variable no contenga lo que sigue
el signo ^ indica que empiece con lo que sigue 
osea que con esa condicion lo que le decimos es que no ejecute la regla si despues del dominio empieza la carpeta del administrador 
yo probaria de dejar el código así  
Código:
 RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/administrator/
RewriteRule (.*)/(.*)/([0-9]*) carpeta-temporal/index.php?s=$2&id=$3
RewriteRule (.*)/(.*)/([0-9]*)/pag([0-9]*) carpeta-temporal/index.php?s=$2&id=$3&pag=$4
RewriteRule (.*)/(.*)/([0-9]*)/msj([0-9]*) carpeta-temporal/index.php?s=$2&id=$3&msj=$4
  No estoy seguro de que funcione pero espero que si. 
saludos 
Maurucio
   Bien!! Lo conseguí!! 
Despues de ver que me proponias algo que ya había usado, lo vi con mejores ojos que cuando lo implemente yo.. y probé el añadir un retoque más y funcionó! 
Lo unico que no consigo ahora es excluir la ruta img/subcarpeta/nombreFichero 
Según lo anterior, bastaría con dejar una condicion del estilo..  
Código:
 RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/carpeta-temporal/admin/ [OR]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/img/extensiones/
  No?
Voy a seguir mirando la ayuda de apache (gracias por la info!), pero con mi ingles y mi cabezonería creo que hoy no sacaré nada en claro,jeje. 
Muchas gracias por la ayuda!