Tendrías que revisar cómo está la parte de HTML en el código que agregaste, para ver que no hayas olvidado cerrar algún div u otro tag.
También debes ver tu CSS (archivo style.css), para hacer tu sitio más compatible con los navegadores, en caso de que haya algún problema con IE.
Puede pasar que si no cierras un div, el sitio se vea bien en Firefox, pero no en IE.
Ejemplo de divs:
<div id="estilo_css">
<p>Aquí va algo</p>
</div>
Saludos.