Codificación de caracteres: eterno dolor de cabeza.

[reborn]

Buenas.
Como se habran dado cuenta, tengo problemas al mostrar los caracteres.
Hay algo q no entiendo y he leido seguido por ahi cuando dicen: "...guardar los archivos con cierta codificacion...", y creo q ese es mi problema.
Entonces la pregunta es: hoy en dia, q codificacion hay q usar?, tanto en los meta, como en la base de datos y como saber con q codificacion se guardan los archivos?
Gracias.