phpmyadmin es una aplicación para adminsitrar la base de datos mysql via una interfaz web. accedes a phpmyadmin en el directorio donde lo hayas instalado, en los subdirectorios de tu instalación de Apache, bajo la carpeta "htdocs". usualmente es Ruta instalación Apache\htdocs\phpMyAdmin-nº de versión, y aceedes en el navegador con
http://localhost/phpMyAdmin-[nº de version] o como sea que se llame su directorio de instalación
para utilizarlo tienen que estar iniciados Apache y el servidor MySQL. podés crear bases de datos, y sus tablas, agregar registros a las tablas, editarlos, etc, etc
php-nuke es un módulo CMS, una aplicación para hacer "portales", no es indispensable para trabajar con php, es una aplicación para hacer sitios. es un elección personal utilizarlo o no.
lo último que listas es PHP.
saludos