Y este update esta contemplando los datos a cambiar en el set o esta otorgandole la hora desde alguna funcion o algo por el estilo ¿?
O sea... si tienes un campo time, con NOW() podrias establecer el ingreso o actualizacion... pero lo que me muestras arriba se parece mas a un campo date (año-mes-dia) y si estas usando una funcion de hora, no se vera reflejado, porque estas mostrando año, mes y dia.
Revisa bien la definicion y nos comentas, porque como te digo, si es time deberia ser asi: "00:00:00"
Suerte!