dudas con json

[principianteZF]

Hola amigos, estoy empezando con json y tengo un par de dudas.
Estoy leyendo artículos, pero no me queda claro si desde php por ej. se pueden agregar datos ( como con la funcion fwrite() para archivos txt) o borrar datos.

Estoy haciendo una aplicación y quiero agregar o borrarle todos los datos a un archivo y no se si lo puedo hacer con json o lo hago con un .txt (quisiera hacerlo con json para ir aprendiendo)


Lo otro que no tengo claro (porque vi los dos ejemplos) es si un archivo debe ser javanscript o json?

miarchivo.js o miarchivo.json ??

Desde ya gracias.