El error es típico, cuando se envía una salida al navegador antes de realizar las operaciones de cabeceras, pero revisé todo el código y no encuentro ningún echo, =, print, var_dump, etc...
Lo único anormal que observo son los puntitos al comienzo de todos mis HTML...
Detalle del error.
Cita: A PHP Error was encountered
Severity: Warning
Message: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/atot.com.ar/sitio/index.php:1)
Filename: helpers/url_helper.php
Line Number: 541
Vuelvo a aclarar que estoy trabajando con CodeIgniter.