Gracias por el interes Gator.
Ya lo he solucionado, era cosa del .htacces pero el mod_rewrite estaba instalado, he tenido que cambiar el .htaccess y ponerlo así.
Código:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]
</IfModule>
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AddType x-mapp-php5 .php
AddType x-mapp-php5 .php
No se decir porqué, pero así funciona.