Además delo dicho, MySQL omite el uso de la PK en el ordenamiento de la subconsultas cuando hay un campo AUTO_INCREMENT.
Usando tu propio ejemplo:
Código MySQL:
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VALUES('UNO'), ('DOS'), ('TRES'), ('CUATRO'), ('CINCO');
+--------+--------+
| nombre | numero |
+--------+--------+
| UNO | 1 |
| DOS | 2 |
| TRES | 3 |
| CUATRO | 4 |
| CINCO | 5 |
+--------+--------+
Como se puede apreciar, la consulta no se ha ordenado por la columna nombre, que es PK y por tanto debería ser la usada como ordenador (es el modo por default de MySQL), sino por numero, que es auto_increment.