ok, ya lei acerca del DOM vs innerhtml, sigo pensando que innerhtmlsera como para hacer cosas mas rapidas
Me encontre con esto:
http://www.mredkj.com/tutorials/tablebasics3.html que me ha ayudado un poco mas, mi problema estaba en remover y agregar sin afectar contenidos ya capturados
Por otra parte encontre que no tiene caso obtener valores de los inputs desde el js sino hasta despues que se procesa al php, ahi es donde guarda los valores enviados por post
Bueno "la sabiduria es una gota comparada con el enorme mar de ignorancia que tenemos"
Salu2!