1- Crea un formulario con los siguientes campos:
- Identificador o titulo del script
- Nombre de archivo (no es tan necesario, mas bien podria asociarse al campo anterior)
- Codigo del script (textarea)
2- Al procesar el formulario verificas todos los campos y guardas en la base de datos el titulo y nombre del archivo y usas
file_put_contents() para crear el archivo y guardar el codigo
3- Cuando tengas que usar el archivo, lo lees de la base de datos y usas
include "ruta-donde-guardas-todos-los-archivos/nombre-del-archivo-guardado-en-base-de-datos.php";