Bueno yo Definitivamente Prefiero Photoshop pero no es el tema de este hilo, así que dejo mis recomendaciones:
- Maqueta, Valida y verifica el crossbrowsing antes de pasar el theme a Wordpress, te ahorrará mucho tiempo que si lo haces después.
- Usa una Chuleta mientras te aprendes las variables de Wordpress. Una que me gusta es esta: http://php-team.blogspot.com/2008/09...heatsheet.html
- Busca la información necesaria en el Codex, siempre es la correcta y vienen bien detallada.
- Trata de tener el mayor numero de funciones posibles en el theme para evitar plugins.
- Puedes usar un Framework como el que te comento el compañero, aunque hay otro frameworks para desarrollo de themes: http://codex.wordpress.org/Theme_Frameworks
Sobre el SEO, sería lo mismo que con otra página, uso correcto de los títulos, alts, titles, descripción y title, etc.
Saludos