Buenas,
para que sea accesible, todos los contenidos de la página tienen que serlo sin necesidad de javascript, es decir que tu menú tendría que funcionar aunque no se tuviera javascript activado y si es imposible conseguirlo se debe proporcionar una página alternativa sin javascript con los mismos contenidos y actualizaciones simultaneas. Aunque los navegadores soporten javascript hay quien lo tiene desactivado y existen otros dispositivos que no lo soportan como algunos lectores de pantalla que usan los invidentes y lo mismo pasa con el raton por lo que es necesario ofrecer una alternativa a los eventos de ratón.
Lo mejor es separar todo completamente: la estructura y el contenido, del diseño y de la programación y hacer una página totalmente accesible únicamente con html, con el menú dentro de una lista con sus enlaces correctos, (evitando cosas del estilo de <a href="javascript
:funcion();"></a> ) los formularios con su boton submit (no usar para ello un enlace o botón de otro tipo y simular el envio con el evento desde javascript)... y luego en un fichero distinto poner el código javascript cancelando los eventos y acciones asociadas por defecto a cada evento y definiendo los nuevos comportamientos si es necesario.
Si queremos que sea accesible tenemos que preocuparnos de todos esos pequeños detalles que pueden parecer innecesarios pero que pueden facilitar la vida a muchos usuarios. Usando buenas prácticas y código no intrusivo incluso ahorraremos tiempo y aunque nos suponga mas trabajo, pensemos en ellos también.