"escrivo" va con b larga.
No me parece acertado cargar una pagina con ajax si esa pagina tiene definición DOCTYPE y cabecera. Las pagina que traes con ajax tienen que tener solo el contenido del body, pero excluir incluso la etiqueta <body>. Si no, como haces para insertar la información en el dOM?
Por otro lado, las librerias deberías cargarlas en la pagina principal, pero no repetirlas en la segunda pagina!:
Cita: <script language="text/javascript" src="/ajax.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript" src="../boombox/mootools.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../boombox/flowplayer.min.js"></script>
Si lo que queres hacer es que la segunda pagina tambien cargue ajax, habría que buscar algun evento similar al .live() de jquery. Pero en mootools. O adjudicar la funcionalidad en un callback. Pensa que cuando inicializas boombox todavía el nuevo enlace no existe. Así que cuando viene ya perdió el tren.