Cita: ftp_exec
Requests execution of a program on the FTP server (PHP 4 >= 4.0.3)
bool ftp_exec ( resource ftp_stream, string command)
Sends a SITE EXEC command request to the FTP server. Returns the output of the command if successful; otherwise returns FALSE.
El usuario q entres por FTP tendra X permisos de ejecución de comandos .. Si no los tiene no podrá ejecutar lo que quieres ejecutar ... Revisa los permisos del usuario q usas para FTP en la makina destino ..
Un saludo,