Una persona no puede ser hombre y mujer al mismo tiempo (hermafroditas y travestis no cuentan en este cálculo), y eso es lo que le estás poniendo en el WHERE.
hay varias formas de lograr lo que quieres, pero la más simple sería:
Código MySQL:
Ver original SUM(IF(sex_egr
='M', 1, 0)) `CANTIDAD DE HOMBRES`, SUM(IF(sex_egr
='F', 1, 0)) `CANTIDAD DE MUJERES`
Además, no es lo mismo usar comillas (") que apóstrofos (''). Las comillas encierran nombres de objetos de base de datos (bases, tablas o campos), mientras que los apóstrofos encierran cadenas de texto.