Las librarias van en alguna parte del head. Preferentemente en anteultimo lugar. Luego viene un bloque de codigo en donde ejecutas lo que necesites:
Cita: <script type="text/javascript" src="js/datepicker.js"></script>
<script type="text/javascript">
// todo el codigo a ejectuar va aqui.
</script>
Para el CSS es lo mismo, solo que es bueno cargar el CSS antes que lo concerniente a javascript.