No creo que sea un problema del bucle, ya que si quito esa variable, me sube las imagenes. y esa variable, lo unico que hace es decirle donde subir la imagen.
Pruebo lo que me dices y ya te digo cosas.
Muchas gracias
Cita:
Iniciado por wwwpinkrabbites 
Prueba a cambiar esto
Código PHP:
move_uploaded_file($tmp_name1 ,$linkimagen);
por esto
Código PHP:
move_uploaded_file ( $_FILES [ archivos][ 'tmp_name' ][$i], 'usuarios/'.$nombre_usuario.'/'.$name);
si no funciona pues puede ser un problema del bucle y para asegurarte prueba subiendo solo un archivo.
Código PHP:
<?php
$nombre_usuario=$_GET['id'];
$ifile=$_FILES["archivos"];
mkdir("usuarios/".$nombre_usuario);
chmod("usuarios/".$nombre_usuario,0777);
$destino = "usuarios/".$nombre_usuario ;
move_uploaded_file ( $_FILES [ 'archivos' ][ 'tmp_name' ], $destino . '/' . $id);
?>