Hola sergio87, mira hace poco hice lo que tu quieres hacer, la verdad me rompi el cerebro varios dias frente a la pc y si, tal como indican la manera más efectiva es trabajar con ajax.
Te describo mi caso:
necesitaba un index que no se refresque nunca (pues con eso lograria que nunca se corte la música) en el cual incluí un plugin de jquery, un reproductor llamado jPlayer, muy bueno y ya afamado.
Pero a su vez necesitaba incluir un plugin de slide echo en mootools por lo que hice lo siguiente:
inclui todos los scripts y estilos en el head del index y el motor ajax de mootools. y ahh .. muy importante si tienes que trabajar con jquery y otra libreria a la par debes usar la funcion jquery no conflict (buscala en google) que consiste en cambiar todos los "$" por la palabra "jQuery"
En
este hilo tengo bien descripto el problema y muestro la solución, espero te sirva y no pierdas tantas neuronas como las que yo perdí jaja.
Un abrazo!
p-d: te comento que no hice urls amigables ni nada por el estilo, solo logre que mi reproductor funcione y nada más.