Perdon me equivoque en la ubicacion del var_dump()
Ejecuta este codigo a ver que te muestra
<?php
$ruta = "/home/jota/Escritorio/123/"; // Indicar ruta
$files=scandir($ruta );
echo "<pre>";
var_dump($files);
echo "</pre>";
?>
//otra cosa: en windows debes filtrar tambien, un archivo molesto: Thumbs.db
if ($file != "." && $file != ".." && $file != "thumbs.db")