Si usas ftp deberias usar las funciones ftp para todo el proceso:
Ejemplo:
ftp_pwd — Devuelve el nombre del directorio actual
ftp_chdir — Cambia el directorio actual en un servidor FTP
ftp_put -- Carga un archivo al servidor FTP
Mira el manual.
http://php.net/manual/es/function.ftp-chdir.php
Si no puedes comenta...
Te puedo pasar un script simple, pero prueba tu primero..