Hola!
Eso pasa porque el archivo a descargar esta dentro de las directrices de tu .htaccess donde rediriges todo a ../index.php/, para que funcione dentro del sistema ZF.
Una solucion sencilla es disponer los archivos a descargar en un directorio con un .htaccess con la directiva
El hacer un controlador que te devuelva el archivo es una solucion mas elegante pero implica mas trabajo, desactivar layuts, mandar cabeceras....
Espero que te sirva.
Un Saludo