Puede que al final haya algún problema al usar FileUpload y UpdatePanel, ya que la subida de archivos no se realiza de manera asíncrona.
Una posible solución es usar un control especial que realiza la carga de archivos en iframe:
http://fileuploadajax.subgurim.net/
Otra opción sería que abrieses un popup para cargar el archivo, cerrar la ventana y mediante Javascript refrescar el UpdatePanel.
Suerte.