Buenas,
los atributos a los que hace referencia como desaconsejados son todos los que tengan que ver con la presentación de los elementos, como width, height, border, align... que deben declararse en las hojas de estilos. Igual que tampoco deben usarse etiquetas como <center> <b> <small> <font> <u> y todo lo que tenga que ver con el diseño.
No se a qué te refieres con imagen de sustitución, imagino que serán las que se ponen como background de un elemento en lugar de con la etiqueta <img> si es así como imagen de sustitución deberían ponerse todas las que no tengan importancia para el contenido de la página y en la etiqueta <img> las que sean relevantes, por supuesto siempre con su atributo alt que debe ser un texto breve y para una descripción mas detallada existe el atributo longdesc. Por temas de accesibilidad es imprescindible el atributo alt para todos los elementos reemplazados, que son los que no tienen contenido y en su lugar se muestra un recurso externo como pueda ser un fichero con una imagen (entre otros). Si el recurso no está disponible en su lugar se muestra el text del atributo alt. Ahora que lo pienso al ponerlo como background has eliminado la etiqueta <img> con los atributos que te estaban dando problemas y por eso valida, pero si es una imagen importante y no sólo parte del diseño deberías usar la etiqueta <img>, ya que si esta como background no estará accesible para sintetizadores de voz por ejemplo, o cuando no esté disponible el css .
En cuanto a los puntos de validación manual es lógico que no los den como válidos ya que a los validadores automáticos les es imposible validarlos y los programas no suelen mentir. Siempre habrá determinados puntos que habrá que comprobar manualmente como el tema de colores y contrastes ya que la percepción del color es un tema muy complejo o lo de los textos sencillos y comprensibles ya que están lejos de comprender nada que no se haya programado antes.