Tienes un enlace en el índice de la web hacia la tienda, por lo que los buscadores lo seguirán. Si quieres que sea más visible para los usuarios, deberías poner un botón un poco más llamativo.
Ahora, además de leer mucho y aprender y demás, te recomiendo que comiences por:
- Mirar qué palabras te convienen posicionar para poder atraer clientes, te recomiendo que analices el volumen de búsquedas (por lo tanto movimiento de posibles clientes) y la competitividad (a más competitividad, más complicado por decir de manera simple). La herramienta que puedes utilizar es
https://adwords.google.es/select/KeywordToolExternal.
Una vez decididos los criterios de búsqueda con los que vas a trabajar:
- Creación de títulos y metatags únicos por cada página (igual no es posible en tu tienda online, tendrás que mirarlo según la plantilla en que esté basada)
- Optimización de contenidos de la web.
- Url's amigables en la tienda online.
Y sin desanimarte, esto es el principio y la base de todo el trabajo, así que échale el tiempo que sea necesario.