Gracias por la respuesta!
He estado probando y para que funcione el FileUpload, tiene que estar dentro del UpdatePanel junto con el botón que lanza el evento SaveAs. Si pongo el FileUpload fuera del UpdatePanel y el botón SaveAs dentro, no pita el FileUpload!!
Si pongo el FileUpload y el SaveAs dentro del UpdatePanel, el FileUpload funciona, pero tengo que darle a F5 para ver la imagen cambiada. Si pongo el ScriptManager dentro del UpdatePanel junto con el FileUpload y el SaveAs, lo mismo, funciona pero no actualiza!!
Eso me pasa por no tener ni idea de AJAX (weno ni de na)!
Gracias de nuevo!