Hola:
 
Yo lo hago de esta manera: 
Cuando subo al FTP una actualización del programa, subo junto a el un archivo con el mismo nombre para no liarme pero con la extensión .txt o sea, tengo en internet el archivo Contabilidad.exe y Contabilidad.txt 
El contenido de Contabilidad.txt es por ejemplo el siguiente
5.2.7 
Utilizo esta API para descargar el .txt que como es muy pequeño en tamaño, baja en un tris tras.    
Código vb:
Ver original- 'Funcion API URLDownloadToFile descargar archivo Internet 
- Public Declare Function URLDownloadToFile Lib "urlmon" Alias  "URLDownloadToFileA" (ByVal pCaller As Long, ByVal szURL As String, ByVal szFileName As String, ByVal dwReserved As Long, ByVal lpfnCB As Long) As Long 
-   
- Dim Problema As Boolean, FicheroURL As String, VersionEXE As String 
- FicheroURL = "http://www.dominio.com/archivos/Contabilidad.txt" 
- Problema = URLDownloadToFile(0, FicheroURL, App.Path & "\VersionFTP.txt", 0, 0) 
- If Problema Then 
-   ' No pudo accederse al archivo del FTP 
- Else 
-   VersionEXE = App.Major & "." & App.Minor & "." & App.Revision 
-   ' Comparamos contenido del archivo VersionFTP.txt con VersionEXE 
- End if 
Mas o menos algo así. 
Saludos