Para este tipo de situaciones puedes usar having.
Código SQL:
Ver originalSELECT
a.id_alumno,
b.paterno,
b.materno,
b.nombre,
ROUND(AVG(a.nota),2) AS promedio,
COUNT(*)
FROM calificaciones a
INNER JOIN
estudiantes b
ON a.id_alumno=b.id
GROUP BY a.id_alumno,b.paterno, b.materno,b.nombre
HAVING promedio >=90;
saludos