¿Tabla única, Varias tablas o BBDD independientes?

[Vun]

Totalmente deberias tenerlo todo en 1 sola tabla, como dice NA1TM3R con unos buenos indices y consultas el motor MYSQL es muy muy potente, y los servidores de hoy en día no son como los de antes...

Ademas que el tenerlo todo en una tabla te permite luego hacer consultas del tipo "muestra los ultimos 15 documentos subidos" o "muestra los documentos mas consultados del tipo X", si lo tuvieras en varias tablas es un lio, y en varias bases de datos, pues peor.

Por cierto ¿que vas a guardar en la propia base de datos documentos? ¿de que tamaño? Quizas te convenga almacenar los archivos sueltos, por carpetas, sino la base de datos por tamaño si que puede explotar....