Haz intentado enviar las cabeceras de un excel antes de generar las tablas?
Busca info sobre "header excel php" en san google.
De todas maneras podria funcionar con algo como esto:
Código PHP:
header('Content-type: application/vnd.ms-excel');
header("Content-Disposition: attachment; filename=archivo.xls"); //Esto para que veas el guardar como con archivo.xls
header("Pragma: no-cache");
header("Expires: 0");
OJO: Esto funciona siempre y cuando todos tus reportes esten en tablas correctamente estructuradas.
Suerte!