Problema al leer ficheros ==> File Not Found Exception

[albertobp]

Saludos.

Estoy trabajando en una aplicacion Web en la que llamo a una clase java que previamente desarrollé y exporté en un fichero .jar desde eclipse. En eclipse funciona correctamente, pero al intentar usarlo en tomcat falla.
Me explico, el programa toma datos de un fichero xml y de dos archivos de texto que contienen propiedades y configuraciones. En eclipse, esos ficheros se encuentran en la raiz del proyecto. Al ejecutar el programa los localiza y los utiliza sin ningun problema. De esta forma me genere un fichero .jar con las clases del programa y en la raiz del jar los ficheros que necesita (para que nos entendamos, el jar tiene la misma estructura que el proyecto eclipse).
El problema viene al usarlo en mi pagina jsp, he copiado el jar en cuestion a la carpeta lib de tomcat para poder usar las clases que he desarrollado, me reconoce las clases y tal pero al ejecutarlo me salta una excepcion avisando de que no encuentra los ficheros que he dejado en la raiz del jar.
He probado a copiar los datos que necesito en la misma carpeta que el jar (en lib), en la carpeta donde se encuentra la aplicacion web, en WEB-INF pero no sirve de nada.

¿Alguna idea?

Muchas gracias adelantadas.