Son conceptos javascript.
Cita: como ejecutar el controlador desde el javascript;
Usando AJAX
Cita: como manejar el resultado de la consulta para que se me imprima en pantalla, llego hasta el controlador pero no se si debo hacer ahi un if y dependiendo del valor que obtuve en el modelo hacer un echo, , guardarlo en algun sitio para cojerlo e imprimirlo desde otra funcion javascript o qué.
Si solo quieres saber si lo introducido en el campo es correcto o no, puedes devolver simplemente: 0 ó 1.
Haces la consulta, si devuelve vacio es que lo introducido no se corresponde a nada de lo que hay en la BD.
Por ejemplo (una vez tienes el resultado de la llamada ajax):
SI resultado == 0: No es correcto
SI resultado == 1: Correcto
Tambien tendrás que indicar en el controlador que es una llamada AJAX por lo que habrá que indicar que no cargue el layout (No se como será esta parte respecto a Codeigniter)
Un saludo