El registro SPF se configura desde la zona DNS del dominio que envía el mail. Debes hacerlo para todos los dominios del servidor que presenten problemas, aunque conviene tenerlo estandarizado como práctica para todos.
Sobre automatizar el proceso, algunos paneles de control permiten editar los zone templates, que son los templates en que se basa el panel de control para crear los registros DNS. También puedes automatizarlo usando algún shell script (puedes basarte en un viejo ejemplo que
publiqué hace años y modificarlo a gusto).
Saludos,