Yo creo que el más indicado es moodle, lo utilizan en todos los centros educativos para colgar trabajo y entregar tareas ( los alumnos ).
Para que puedan subir archivos tienes que crear una tarea y ya les permite a ellos agregar un trabajo o lo que corresponda. Te dejo unas FAQ:
http://moodle.org/mod/wiki/view.php?...+en+l%C3%ADnea ( Entra como invitado si te pide login )
http://www.scribd.com/doc/12932464/I...a-Tarea-MOODLE http://docs.moodle.org/es/Documentac...dministradores
Salu2.