Si son archivos para descarga, podria entenderlo, pero si son para procesar scripts PHP...
Para descarga de archivos:
Código PHP:
Ver originalecho "<a href=\"http://tusitio.com/ruta/$encoded\">$archivo</a>";
Ahora, por mas que uses UTF8, ISO o cualquier otra codificacion que quieras para tus paginas, el sistema operativo asignara el nombre de acuerdo a la tabla de caracteres que tenga establecida y que, segun yo, no puedes alterar.
Por otra parte, si tu cliente insiste en guardar sus archivos con caracteres especiales, tal vez algun dia se le ocurra que podrian incluir diagonales, signo de interrogacion o asterisco.
Es mejor dejarle claro que NO ES CONVENIENTE NI FUNCIONAL.