redbix, por la experiencia que he tenido yo, cuando incrustas subtitulos en un archivo de video, el programa te lo comprime y hace que pierdas calidad.
Si queres seguir teniendo el archivo con esa buena calidad y que te lo reconozca cualquier dvd casero, tenes la opcion de pasarlo a VOB (yo uso el VSO DivxToDVD) y meterle los subs (eso es lo que yo hago, ya que mi reproductor no reconone divx)... aunque tambien esta la opcion de ponerle el mismo nombre del archivo a los subs, y, en teoria, cualquier programa o reproductor te los tomaria, aunque no se como es en el caso de los archivos mp4.