Hola,
Suponiendo que ya has hecho todo el proceso de abrir el PopUp y eso, y que la ventana hija se llamara en este caso "MiVentana" el metodo seria el siguiente utilizandolo desde la pagina madre:
Código Javascript
:
Ver originalNumIFrames=MiVentana.document.getElementsByTagName('iframe').length
// De esta forma obtienes la contidad de IFrames en la ventana hija,
// manteniendo el dato en la pagina madre, en la variable NumIFrames,
// despues de esto, tu sabras que hacer con el dato recibido...
Saludos